112-富集分析中遇到的小问题？

刘小泽写于19.5.5 晚上花花问了我一个问题，她用clusterProfiler做了KEGG分析，然后发现结果中出现了GeneRatio、BgRatio这样的名词，问我知不知道，其实我不是很清楚，但不会不怕，现学也来得及，于是有了这篇文章

GeneRatio and BgRatio

想必很多人都在用clusterProfiler做富集分析，也的确很好用，在做KEGG时就会出现这样的数据

首先看了https://www.biostars.org/p/220465/上的答案

先假设全部的基因集叫：HALLMARK，然后其中有一个特定研究的基因集叫：E2F_targets

• BgRatio=M/N

  N就是全部的基因集的大小(这里就是HALLMARK的大小)，它是背景基因总数(universal)；

  M就是研究基因集的大小(这里就是E2F_targets 的大小)，而这个大小指的就是直接或间接注释到感兴趣节点的基因数量（interest）

• GeneRatio = k/n

  差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值

当然，除了这个，我发现还有一些概念比较模糊，于是整理了一下

P值与P.adjust

从上图中也能看出差异分析结果存在P value和P adjust value，先看帮助文档

https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.5.0/topics/p.adjust

p.adjust.methods
# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",
#   "fdr", "none")

其中，BH也叫做fdr

另外看到https://www.researchgate.net/post/Hallo_how_can_I_convert_p-value_into_adjusted_p-value中描述

The adjusted p-value is always the p-value, multiplied with some factor: adj.p = f * p The actual size of this factor f depends on the strategy used to correct for multiple testing