136-看个StateQuest视频学习ChIP-seq

Sep 11, 2019 4 min read cnposts

刘小泽写于19.9.11 距离上次学习表观遗传知识过去了大半年（表观遗传初识~ChIP-seq：https://www.jianshu.com/p/30bbc88771d0），之后也没有涉足。但是这一块估计会在我未来的学业中用到，所以还是很有必要拾起来的

视频地址在：https://www.youtube.com/watch?v=nkWGmaYRues&t=226s

染色质、染色体、DNA、组蛋白关系

从前有群细胞，细胞有个核，核里有群染色体，染色体又是特殊时期的染色质，染色质又是由DNA+组蛋白+其它蛋白

根据百科解释：真核细胞的细胞周期中，大部分时间是以染色质的形态而存在。染色质是间期细胞遗传物质存在的形式，由DNA、组蛋白、非组蛋白及少量RNA 组成的线性复合结构；染色体是指细胞在有丝分裂或减数分裂过程中，由染色质聚缩而成的棒状结构。两者化学组成没有差异，只是包装程度不同。

DNA包裹着组蛋白，形成一个一个的小DNA包裹，然后这个小包裹就可以调控基因表达。至于激活还是抑制基因表达，主要看组蛋白是怎么修饰的。至于包裹的过程这里不探索，只要知道染色质包含了DNA及包裹的组蛋白即可。

用一根线作为模型进行解释

因为是线性结构，所以用蓝线代表染色质（但实际上，这根线不是直线，而是像上图一样）
褐色箭头表示基因
绿色圆圈表示允许转录的组蛋白
红色八边形表示抑制转录的组蛋白
细胞中会有各种各样的蛋白可以结合到DNA上（图中不同颜色，不同性状）
- 左边黄色的蛋白假设是促进基因转录的
- 右边粉红的蛋白假设是抑制基因的
- 中间绿色的可能有其他未知的功能

那么怎么研究这些蛋白的作用到底是什么？就可以用ChIP-seq

ChIP-seq表示：Chromatin Immunoprecipitation Sequencing 表示染色质免疫共沉淀测序，它的作用就是定位那些DNA结合的蛋白在基因组上的位置

如果我们想要知道绿色蛋白结合的所有区域

首先，用甲醛等试剂将原来结合在DNA上的蛋白固定在DNA上（glue all of the proteins bound to the DNA together with the DNA），但事实上这个操作会把所有蛋白都固定住，不止是我们感兴趣的绿色的蛋白=》这个过程中文翻译是“交联”；
然后，将固定后的DNA切成小片段（大约300bp）
接着，针对我们感兴趣的蛋白，我们加入与它对应的特异性抗体（下图黑色为抗体），然后抗体只和感兴趣蛋白之间结合
然后，回收所有抗体，这样也就把感兴趣蛋白和对应的DNA一起收回来了，并将其他“杂质”去掉
然后，通过加热将蓝色线条（包括DNA和组蛋白）和蛋白分离=》也就是“去交联”过程。接着将蛋白去除，只留下DNA（黑色线条）

实际操作

以上操作是针对一个细胞中的一条染色质进行解释的，实际实验过程中，一般会对6百万的细胞进行这样的处理，因此我们最后会得到来自大量细胞的大量DNA片段

然后这些序列就会经历：

PCR扩增文库
检查文库浓度
测序
过滤低质量序列
比对得到位置信息

例如下图就是比对后的reads对应的染色质位置信息：每个reads来源都不同

最后，会得到所有reads的一系列基因组坐标（一般会有50M到100M的reads）

图10

然后利用这些坐标，可以以基因组为背景，构建一个track信息，看看哪个区间内的reads多，由于reads数量多，区间划分细，所以最后有的reads多的地方，就会形成一个峰。下面👇这个图有三部分内容：

顶部是基因组中的基因信息，包含了位置、长度、外显子等（mm10）
中间是我们利用ChIP-seq的reads创建的一个track，中间两个黑山峰就说明有很多reads比对到了这个区域；而两侧的其他区域比对的reads就很少
底部也是一个track，它作为对照。设置对照的原因是考虑到了ChIP-seq实验中，如果染色质被打断成的片段不均匀，就会导致测序reads在基因组上的分布不均匀。对照组一般是从免疫沉淀之前的DNA样本（就是直接利用图3的交联结果，打断，而不使用特异性抗体）中提取一部分DNA，结果会得到各种各样的蛋白对应的DNA序列 ，后续处理和我们样本的ChIP-seq数据一模一样

图11