242-复现果蝇ChIP-Seq文章的IGV结果

刘小泽写于2021.4.21 这里有两个IGV小技巧，可以学习一下

文章简介

文章是2018年elife的：Epigenetic drift of H3K27me3 in aging links glycolysis to healthy longevity in Drosophila（DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.35368.001）

目的：To explore the mechanism by which age-modulated increase of H3K27me3 impacts adult lifespan

发现： epigenetic drift of H3K27me3 is one of the molecular mechanisms that contribute to aging and that stimulation of glycolysis promotes metabolic health and longevity

要复现的图是

figure 1 F，其中

• 3d (grey), 15d (cyan), and 30d (pink) (top panel)
• deducting 3d signals from those at 15d (middle panel)
• deducting 15d signals from those at 30d of age (bottom panel).

因此，需要拿到bw文件后，做一个重叠效果，然后做两个bw相减的效果

首先拿到bw文件

数据在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE96654

我们只需要下载三个文件：

然后打开IGV，导入数据

这里参考基因组是果蝇的，然后按文章描述定位到：chr3R:16,500,000-22,000,000

并且调整好颜色：Change Track Color

然后设置统一的数据范围：Set Data Range 为 0-14

然后看到有一个选项Overlay Tracks：

并且可以通过Adjust Transparency调整透明度，得到的结果就是：

然后进行bw deduct操作

这个可以借助deeptools，帮助文档在：https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/bigwigCompare.html

其中有个参数--operation ，它可以包括：log2, ratio, subtract, add, mean, reciprocal_ratio, first, second

# d15-d3
# Bigwig file 1. Usually the file for the treatment.
# Bigwig file 2. Usually the file for the control.
bigwigCompare --bigwig1 GSM2902678_15d_WT_ChIPSeq_rep1.bw --bigwig2 GSM2902677_3d_WT_ChIPSeq_rep1.bw --operation subtract --outFileName d15_deduct_d3.bw -p 4

# d30-d15
bigwigCompare --bigwig1 GSM2902679_30d_WT_ChIPSeq_rep1.bw --bigwig2 GSM2902678_15d_WT_ChIPSeq_rep1.bw  --operation subtract --outFileName d30_deduct_d15.bw -p 4

拿到这两个bw后，导入IGV，并且设置范围是-2 <=> 4

或者还可以直接利用IGV tools：Tools => Combind tracks