248-生信小白的福音——有人帮你做了知识整理,还有动画指导

刘小泽写于2021.6.4 今天无意中搜索到了一个不错的网站,马上写一写,分享给大家

看作者

https://github.com/rnnh

看样子是一个比较低调的人

上网站!

https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/

它主要包含三部分:

说一下这个一键式流程——以转录组为例

一般我们的转录组流程是:下载数据(如果是SRA,还需要转fastq)=》质控=》过滤=》比对 =》 定量 =》 差异分析

这里作者提供了两个脚本,一个负责上游定量(Fastq-dump to featureCounts.sh ) ,一个负责下游的差异分析DE analysis edgeR script.R

网站是:

竟然还贴心提供了动画指导:

https://asciinema.org/a/308745?autoplay=1

新手用他的脚本,跟着一步步输入参数即可

最后看一下他的脚本:

是不是也可以从中学习一些shell代码编写技巧呢?

https://github.com/rnnh/bioinfo-notebook/blob/master/scripts/fastq-dump_to_featureCounts.sh

最后

  • 能看出来作者的用心分享,必须点个赞!

  • 如果是新手的话,确实能通过这个操作提高信心,完成一个小任务

  • 因为是一键式流程,也存在一些弊端,就是可调控性降低,尤其是下游要做到真正的一键式不太容易;但起码能顺利得到一个结果,也是不错的

Yunze Liu
Yunze Liu
Bioinformatics Sharer

Co-founder of Bioinfoplanet(生信星球)

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