179-给你看,我用的就是这些包

刘小泽写于2020.4.19 题目依然是花花帮忙起的 今天来介绍一个简单又实用的需求,就是如何自动化给每个包添加对应的说明和版本信息

前言

我们首先来假设一个情境,而且一定会遇到:

我自己有一个脚本,想发给别人用,但别人收到后却产生某个包的报错。于是第一步,他会问:你用的R包都是哪个版本啊?我怎么重复不出来?

这时一般我们会用sessionInfo(),得到下面的全部配置

但当我们安装的R包数量有点多时,别人可能要仔细从中寻找对应的包的版本

image-20200419143925692

那么问题来了:能不能一开始加载包的时候,就直接标注包的版本呢?

一个善于观察的人写了一个有趣的包

这个人叫:Luis Verde Arregoitia (https://github.com/luisDVA/annotater)

他在帮助同事进行R debug时发现,同事的脚步中调用了大量的R包,而且错误主要是由于包的依赖关系没有搞好(可能某个依赖包的版本太旧或者太新),另外有很多R包已经忘记是做什么用的了,需要现场一个一个查。

最后,他利用utils::packageDescription()对每个包都查看了一下title和version,最后整理出来,标注好了每个包的作用

image-20200419144601783

# package load ------------------------------------------------------------
library(readr) # Read Rectangular Text Data
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(sensiPhy) # Sensitivity Analysis for Comparative Methods
library(tibble) # Simple Data Frames
library(weatherData) # Get Weather Data from the Web

他嫌一个一个操作太麻烦,于是他写了个包,对每个R包批量进行utils::packageDescription 查看,并且一键式操作

我们来看看这个包

首先是安装

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("luisdva/annotater")

然后重启rstudio,会发现插件(Addins)这里多了这个annotater包

image-20200419145035535

最后一键式操作,点击Annotate package calls in active file

就会看到:

image-20200419145241778

来一个动图:

annotcalls

当然,除了能看每个包的作用(也就是它们的标题),版本可能是更为关心的

再来一个动图:

repos1

但这里需要说明,这个插件只能在library()后面没有注释的情况下使用; 当添加了标题信息后,就不能继续在后面添加标题信息

除非把之前的标题信息换行,保证library()没有注释,就可以继续添加新的版本信息【就像下面这样】

image-20200419145623046

最后再回顾一下两个常用的功能:

image-20200419145700799

Yunze Liu
Yunze Liu
Bioinformatics Sharer

Co-founder of Bioinfoplanet(生信星球)

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