170-心疼我下午的俩小时...

Feb 24, 2020 4 min read cnposts

刘小泽写于2020.2.24
写这篇的目的是为了提醒自己，任何任何时候，都要抱着代码解决问题的思想，一定不要白白浪费时间…

故事缘由

接到一项任务，把panther网页工具的GO分析结果，手工做成dotplot

关于Panther富集分析和我们常用的R语言对比，可以看：什么？R语言做的GO富集结果和在线工具不一致？真的是这样吗

然后想要自己DIY作图，用ggplot2代码可以自定义更多的东西，可以看：一个看似简单的需求–修改富集分析的dotplot图

从拿到Excel表格，到出图其实还蛮快的，代码都在上面👆的推送中。这也不是今天的主题，今天是想聊聊，出图后怎么往下精细化操作？

要求是：四个图，放在同一张slides上，要求字号为6号arial

因此，首先我想到的是字体问题：如果直接导出为图片，那么后续肯定没法调字体

那么想办法先解决字体

如何做好字体？

之前Y叔在他的yyplot包中加入了这个功能，假入做的ggplot图赋值为了p。我想的是：先把字体搞好，字号等到时候在PPT中调整吧

library(yyplot)
p_arial <- set_font(p, family="Arial", size=3, color="black")

下面同时把四个图都做好字体【不过现在想想，当时这个决定不正确】

然后又想到，为什么不直接导出为PPT呢？

其实这里暗自欢喜了一小下，因为一般的做法都是先导出为EMF格式，然后再放到PPT中

假入你需要导出为EMF

也放上代码吧，虽然现在有了更好的方式

if(F){
    # install.packages("devEMF")
    library(devEMF)
    emf(file = "p.emf", emfPlus = FALSE)
    # 这个代码就是自定义dotplot的，可以同时看上面👆的推送链接
    ggplot(test,aes(x = fold,y = Description))+
        geom_point(aes(color = P.adjust,
                       size = Count))+
        scale_color_continuous(low="red", high="blue", name = 'P.adjust', guide=guide_colorbar(reverse=TRUE),
                               labels = function(x)format(x,scientific = F))+
        xlab("Fold Enrichment")+
        theme_bw()
    dev.off()
    
}

这样，我分别得到了4个PPT文件

下面的任务，其实就是把四个图，整合在一个slide中，顺便也温习了一下PPT的操作【唉不到最后关头，一般是不会打开PPT的。虽然旁边花花就是个PPT大神】

开始在PPT中的整合工作，浪费了我2个小时

首先要把页面设置成竖向，这个是在Design =》 Slide Size =》可以先用Letter Paper（不合适以后再调），然后注意调整Slides这个选项（调整为竖向）

然后，经历了拆分、组合、调字号、设置大小一致等等非常非常繁琐的操作【而我发现，现在已经不能胜任这种总是需要点点点+各种移动、复制的操作了】

这中间，经历了：

只调整了图片没同时调整图例，导致最后点的大小和图中不一致；
左侧的GO说明，位置调来调去，还不能批量对齐，因为它们的文本框长度不一致，我要一个一个手动去调整
组合后的图进行拆分，往往在移动过程中丢了某处，后来发现时也为时已晚

唉，说多了都是泪，就连今天晚上做的西红柿鸡蛋面都是无滋无味的了

两个小时能干啥？看个电影？学个流程？都不错！但我就弄了下面这张。看着还整齐吧。但还没完，仔细看又出了新问题

因为我是手动调整的图片，为了保证它们组合后长宽一致。得到的原图它们本来的宽度和高度是不一样的，于是手动修改后，有的图（就像右边👉这个）中的点就被挤歪了，本来都是圆形的，现在成了椭圆形。于是上面的两个小时”成果“也算是报废了

思考失败的原因

这次浪费的2小时，再一次提醒了我，时刻记得：只要让你去做重复性工作的，且要多次循环的。那么做之前，不妨想一想：能不能让代码帮我们完成那些繁琐的工作呢？

总结一下原因：为什么最后的图会扁？我即便是锁定长宽比缩放，也是有的图点圆，有的图中点不圆。这是因为，我这四个图片本身的长宽就不一致啊！

我导出的时候，只想着把它们导出为PPT，后续调整就很容易了。但忽略了最开始的问题，如果多张图一开始的大小就不一样，那么后来肯定有某几张会发生畸变。

除非，一开始就让大家的大小一致，等长等宽的图，再怎么变化，最后也是一致的。而且这种方式调整起来更简单

因此，又花了几分钟，拯救了之前浪费的2个小时

方法就是：利用拼图神器：patchwork，花花之前写过推送：大佬新包patchwork：可能是迄今为止最优秀的拼图包

library(patchwork) # 可以组合成长宽一致的图(a/b/m/n表示4张图)
p2 = a + b + m + n + plot_layout(ncol = 2)

然后再把p2导出为PPT【注意这里设置的长款，会直接影响结果PPT中各种图的形状，可以多设置几次看看结果】

library(export)
graph2ppt(p2,"p2.pptx",width = 20, height = 20)

因此，这样打开PPT，就是我之前花了2小时做的结果，而且比我的结果还要好，因为所有的图都是原图，点都是圆形，后续只需要调一下字体和字号就行了

总结

今天的这个坑，我认了，因为也让我更清楚地明白：如果不想后面烦心，那就一开始多动动脑；如果遇到了问题，先不要着急往下做，马上回忆一下，哪些知识能够帮助到自己，这次我就没有想要事先拼好图再导出PPT。不过以后这个操作应该要牢记于心了。当然，希望我今天的小事件能帮助到你

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